Sí, se tiene que salvar el config con los cambios y luego ejecutar de nuevo al entrar a quake (de hecho siempre es bueno ejecutar el config cuando uno entra).
Todos los cambios que uno pueda hacer es mejor hacerlos al config. Como el color del nick, del rail, los gráficos, el hud y todas esas cosas. Así, como le digo, nomás entra, ejecuta config, y listo.